באופן כללי ניתן לומר שהמשפט הישראלי אינו מערים קשיים יוצאים מגדר הרגיל על תנועות דתיות חדשות, ולא מסמן אותן כתופעה הדורשת התייחסות נפרדת במשפט. כך, במשפט הפלילי, בתי המשפט דחו פעם אחר פעם את הטענה לפיה השתייכותו של אדם ל"כת" (או לתנועה דתית חדשה) היא בעלת השפעה על התגבשות אחריות פלילית. בפרשת חסידיו של אליאור חן נדחתה על ידי בתי המשפט טענה לפיה לנאשמים לא הייתה אחריות פלילית שכן פעלו תחת השפעתו של חן, ככת. גם בפרשת ד.א. נקבע כי שאלת אמונתו של הנאשם בדרכים בהן נקט, אינה רלוונטית לשאלת התקיימות יסודות העבירה. בפרשת גואל רצון דחה בית המשפט את התיאוריה בדבר קיום שליטה מנטאלית של רצון על המתלוננות, והטיל ספק במעמדה המדעי. בית המשפט סירב להכיר באפשרות כי ניתן להשתיל בלב אדם מחשבות וכוונות לא לו, באשר עצם קיומה של אפשרות מעין זו יוצר קשיים משמעותיים במערכת המשפטית ככלל, ובמשפט הפלילי בפרט. כתוצאה מכך, רצון לא הורשע בעבירת החזקה בתנאי עבדות. גם בענייני חינוך ועניינים בירוקרטיים שונים בתי המשפט לא הקימו סטנדרט התנהגות מיוחד לתנועות דתיות חדשות, מעבר לדרישות בהן נדרשת לעמוד כל קבוצה במשפט הישראלי.

יחד עם זאת, ניתן לאתר מקרים בהם בית המשפט הגביל את פעילותה של תנועה דתית חדשה, גם אם לא בצורה משמעותית. כך למשל, בפרשת טופז בית המשפט העליון לא התערב בהחלטת משרד הביטחון שלא לספק למכינה טופז הכרה כמכינה קדם צבאית משום החשש כי המכינה תנוצל להשפעה על תלמידיה לשם הצטרפות ל"כת" האימן, מכיוון שהסירוב אינו מונע מתושבי מעלה צביה לקיים מסגרות חינוכיות ביישובם או לממש את זכותם לחופש הדת והמצפון.

ייתכן ומצב עניינים משפטי זה נמצא בדרכו לשינוי. בדו"ח משרד הרווחה והשירותים החברתיים לבחינת תופעת הכתות בישראל משנת 2011 הומלצו תיקוני חקיקה הכוללים חקיקת חוק נגד פעילות כתות, תיקוני חקיקה בתחום עבירות המין, ותיקוני חקיקה לגבי חוק הכשרות המשפטית והאפוטרופסות. במרץ 2014 הוגשה לראשונה הצעת חוק לטיפול בכתות פוגעניות, המיישמת חלק מן ההצעות בדו"ח. ההצעה עברה בקריאה טרומית בפברואר 2016 בתמיכת הממשלה.