פעילות ספורדית של פגאנים ישראליים החלה בשנות השבעים, אך היא צברה נראות ותנופה רק בשנות התשעים, על רקע תחילת עידן האינטרנט וכניסת תרבות העידן החדש לישראל. בשנת 2001 הוקם בישראל הקוון הישראלי הראשון ('עץ רענן'), אך הוא התפרק בשל חילוקי דעות בין החברים לאחר מספר חודשים. אחת מחברות הקוון, רינה קסם, המשיכה בפעילות הפגאנית ובמהלך שנות האלפיים העבירה קורסים לכמה עשרות משתתפים. קסם אף חיברה את הספר היחיד הזמין כיום בעברית בנושא פגאניזם – דרך הקסם.

מראשית שנות האלפיים עברו על קהילת הפגאנים בישראל גלים של יצירה והתחדשות, במהלכם הוקמו ולעתים גם התפרקו קוונים, והתקיימו מפגשים חברתיים וטקסים בתדירות משתנה. בשנים האחרונות ניכרת התגברות מסוימת בתדירות האירועים החברתיים והטקסיים.

הטקסים הניאו-פגאניים בישראל כוללים על פי רוב יצירת מרחב פיזי מקודש, תיפוף, ריקוד, שימוש בדמיון מודרך ומדיטציה, זימון טִקסי של האל והאלה וכדומה. מטרת הטקסים היא עבודה מאגית-קבוצתית, המכוונת להשגת ריפוי או מטרה חיובית אחרת, באמצעות האנרגיה של המשתתפים.

בנוסף לטקסים אלו נוסף לאחרונה גם פסטיבל שנתי (פסטיבל 'מאבון') המתרחש אחת לשנה בסוף ספטמבר. הפסטיבל, המתקיים באחת מן החוות האקולוגיות בארץ, נמשך יומיים ומגיעים אליו חלק נכבד מחברי הקהילה והוא כולל סדנאות, הרצאות, טקסים ומכירת אמנות פגאנית.

כפועל יוצא מן הרתיעה הכללית של הפגאניזם מאורתודוכסיה וממסד, נמנעים הפגאנים הישראלים מיצירה של קהילה מקומית המבוססת על הנהגה ודוגמה. הקהילה הפגאנית בישראל היא ווירטואלית בעיקרה, אך בתוכה פועלות גם מעין 'קליקות' פנימיות לפי חלוקה גיאוגרפית, או הזדהות עם  תתי זרמים בפגאניזם. קליקות אלו נוטות להיפגש באופן תדיר יותר לצורך פעילות טקסית.

בנוסף לפעילות בקליקות, מתקיימות לאורך השנה פעילויות חברתיות נוספות וטקסים, לרוב בהקשר ללוח השנה הפגאני. ארגון הטקסים והפעילויות נעשה לרוב ע"י יחידים, המזמינים את חברי הקהילה הרחבה להשתתף. באופן מעשי נוצרת  מעין 'רוטציה' ולאחר תקופה של עיסוק בארגון המפגשים, נוטים אותם אינדיבידואלים 'להעביר את השרביט' לאחרים משום השחיקה שבדבר. באופן זה, גם אם לא בכוונת מכוון, נמנע מיסוד של הנהגה וכוח בידי יחידים.

נכון לסוף  שנת 2014, מספר המשתייכים לקהילה הפגאנית, או המזדהים עמה, עומד על כ-150-200 איש. מעבר לזה, נראה כי בישראל חיות כמה מאות בודדות של פגאנים נוספים, שאינם לוקחים חלק בפעילות בקהילה או אינם מודעים לה. חברי הקהילה הפגאנית הם בגירים. קיימת הקפדה שלא לאפשר השתתפות של קטינים בפעילויות, בטקסים, או בפעילות הווירטואלית בקבוצת הפייסבוק.

במרץ 2013 הוקם בישראל סניף מקומי של הפדרציה הפגאנית הבינלאומית. הקמת הסניף עוררה מחלוקת מסוימת בקרב חברי הקהילה, משום החשש מהתמסדות הנהגה ובעיקר בשל החשש להתנכלויות של חרדים וממשרד הפנים. מעטים בלבד נרשמו כחברים בפדרציה, מה גם שבעל התפקיד הראשי פועל בהתנדבות והעובדות הקבועות הן סטודנטיות במשרה חלקית. הסניף מארגן מפגשים חברתיים של הקהילה אחת לחודש-חודשיים, מפרסם מגזין אינטרנט רבעוני ופעיל בפייסבוק.

כאמור, חלק ניכר מן הפעילות הניאו-פגאנית בישראל היא מקוונת. הפעילות החלה ברשימת תפוצה בשם 'ישראוויקה' ומשנת 2001 בפורום 'פגאניזם בישראל'. כיום היא ממשיכה בקבוצת פייסבוק סגורה בשם 'פגאניזם בישראל'.

הקבוצות הפגאניות בישראל אינן מופיעות ברשימה הכתות של 'המרכז הישראלי לנפגעי כתות'  ולא ידוע על פעילות ממסדית כלשהי נגד פגאנים בישראל.